A Perfect Circle est né de la rencontre en 1992 de Billy Howerdel et Maynard James Keenan, quand Tool faisait la première partie de Fishbone. Les deux sympathisent au point que, quelques années plus tard, le premier est hébergé chez le second à North Hollywood. C'est alors qu'à l'écoute de démos, le chanteur se verrait bien monter un projet musical avec le technicien guitare, d'autant plus que son groupe subit des déboires juridiques qui l'empêche de créer.

Même si ses compositions étaient prévues à l'origine pour une voix féminine, Billy ne peut refuser cette proposition, et ils sont rejoints par Paz Lenchantin à la basse, le guitariste Troy Van Leeuwen (Failure), et Tim Alexander (Primus) à la batterie. Leurs premiers concerts ont lieu dans des clubs de Los Angeles, suivis d'autres dates puis de l'enregistrement de Mer de Noms, qui sortira l'année suivante. Entre-temps, le batteur a été remplacé par Josh Freese.

 

L'album se distingue du fait qu'il ne s'en ait jamais autant vendu pour les débuts d'un groupe de rock : 188000 exemplaires dès la première semaine, le plaçant n°4 au Billboard 200. Ouvrant d'abord pour Nine Inch Nails sur la tournée Fragility v2.0, le groupe parcourt ensuite le monde en tête d'affiche. Pour se démarquer de Tool, Maynard se met à porter des perruques.

La composition du groupe connait ensuite quelques bouleversements, Paz partant rejoindre Zwan avec Billy Corgan en avril 2002, tandis que Troy intègre les Queens of the Stone Age. Ils sont remplacés en janvier 2003 par l'ex-bassiste de Marilyn Manson, Jeordie White, et Danny Löhner (NIN) à la guitare puis finalement James Iha (The Smashing Pumpkins).

Un deuxième album, Thirteenth Step, sort en septembre 2003, et le groupe part à nouveau en tournée sur tous les continents pour revenir chez eux en juin 2004. Puis un troisième album est proposé en novembre 2004 lors des élections américaines sous le titre eMOTIVe, ne contenant presque que des reprises de chansons pacifiques.

Chacun part ensuite de son côté, Maynard étant successivement occupé avec Tool puis son nouveau projet Puscifer : Billy se lance dans Ashes Divide, Josh rejoint Nine Inch Nails, Jeordie redevient Twiggy Ramirez, et Billy travaille à un album solo.

Il faudra attendre fin 2008 pour que soit annoncé une reformation, avec une activité qui ne sera vraiment effective qu'en 2010 : un nouveau titre sur une compilation ("By and down"), quelques passages télévisés et quelques tournées jusque début 2013, avec au final Jeff Friedl et Matt McJunkins comme batteur et guitariste.